御神体の岩に登るのはNGなのでしょうか？

場所によって状況が異なると思います。

神社などの私有地内であればクライミングエリアとしてクライマーが利用することに土地の所有者が許可をしていなければ、不法侵入になります。

また公有地でも立入禁止と明示されていれば同じです。

ルールが明示されているにも関わらず登るのは法律違反で明らかにNG行為だと思います。

判断が難しいのはルールが明示されてはいない岩場だと思います。

中でも信仰の対象になっている場所であれば、地元の方の立場に立って考えると、神聖な場所を汚してはいけないこと、「登ってはいけない」ことは不文律になっていると言えます。

ルールとして明文化されていないからという理由で登った場合は、モラルが問われるばかりではなく、その地域でクライマーの立場が危うくなることが予想されます。
安易に登ることでどのようなトラブルが起こるか分かりません。

他者の信仰や、地域の歴史って目に見えにくいので、だからこそ慎重に判断してほしいなと思います。